Himegoto segue Hime Arikawa, um estudante de segundo ano na escola de Shimoshina. Forçado a assumir uma grande quantidade de dívida de por seus pais agora ausente, Hime é salvo por três meninas da Associação de estudantes da sua escola depois que ele é perseguido por cobradores de dívidas. Em troca de pagar sua dívida, Hime compromete-se a suas condições de tornar-se o "cão" do Conselho estudantil e passar sua vida na escola vestida como uma menina.