Jinki segue a história da personagem principal Aoba, uma solitária adolescente que se destaca na construção de robôs de plástico. Um dia, ela é sequestrada pela sua própria mãe e levada para as florestas da América do Sul, onde uma organização chamada "Angel" está preparando um robô nomeado de Robô de Combate Número 2 (O Guardião), para batalhar contra o antigo "Jin-ki" (Máquinas Humanas).