Quinze anos após um evento catastrófico conhecido como Segundo Impacto, a humanidade vive sob a constante ameaça de seres misteriosos chamados Anjos. A defesa da última cidade fortificada, Tokyo-3, recai sobre a NERV, uma organização paramilitar que utiliza gigantes humanoides conhecidos como Evangelions. Apenas adolescentes selecionados, com biometria compatível, conseguem sincronizar e pilotar essas máquinas complexas.

Shinji Ikari, um jovem de 14 anos marcado pelo abandono emocional de seu pai, Gendou Ikari — comandante da NERV —, é convocado inesperadamente para pilotar a Unidade-01. O que começa como uma luta pela sobrevivência da espécie revela-se, gradualmente, um labirinto psicológico onde o combate contra os Anjos é apenas um reflexo dos conflitos internos, traumas e medos de seus pilotos, enquanto segredos sombrios da organização são ocultados sob a fachada de salvação global.