O ano é 1999 e a pacata cidade de Morioh começa a ser palco de eventos inexplicáveis. Jotaro Kujo, agora um biólogo marinho, viaja até lá para encontrar Josuke Higashikata, um estudante que descobre ser filho ilegítimo de Joseph Joestar. O que parecia ser apenas uma reunião familiar rapidamente se transforma em uma investigação sobre uma misteriosa flecha capaz de despertar poderes conhecidos como Stands.

Ao lado de aliados como o cauteloso Koichi Hirose e o impulsivo Okuyasu Nijimura, Josuke se vê no centro de uma caçada perigosa. O grupo precisa desvendar os segredos de Morioh e deter ameaças que se escondem nas sombras da cidade, antes que novas vítimas surjam em decorrência dessa onda de fenômenos sobrenaturais.