Após os eventos de Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi esteve em coma por dois anos devido a um acidente de trânsito. Quando ela finalmente acorda, não tem memórias de seu passado e é atormentada por uma profunda solidão. Ainda mais estranho, ela nota linhas escuras envolvendo as coisas ao seu redor, e se as toca, pode desmontar o objeto — algo que a aterroriza completamente. Seu amigo, Mikiya Kokutou, busca a ajuda de Touko Aozaki, uma maga que pode ajudar Shiki a entender do que seus olhos — os "Olhos Místicos da Percepção da Morte" — são realmente capazes e como usá-los corretamente.