Em uma noite solene em julho de 1998, a adolescente Fujino Asagami é impiedosamente estuprada por uma gangue de rua em um bar dilapidado. No entanto, não importa o abuso físico ou sexual que infligem, a garota encara seus captores com a mesma expressão apática. No dia seguinte, corpos mutilados são descobertos no mesmo edifício, tão dilacerados que os investigadores acham inviável sequer considerar o culpado humano. Em outro lugar, um pedido de cliente chega à agência de detetives de Touko Aozaki, encarregando Shiki Ryougi de capturar ou matar o perpetrador do incidente da noite anterior. Mas logo, a notícia se espalha de que um único sobrevivente escapou do massacre, e agora o assassino está destruindo tudo em seu caminho para localizá-lo e exterminá-lo. Uma brutal corrida contra o tempo começa, colocando Shiki contra um inimigo perigoso imperceptível até mesmo para seus lendários olhos.