O ano é UC 0083, três anos depois de Gundam 0080. Depois do fim da Ichinen Sensou (Guerra de Um Ano), as forças de Zeon, derrotadas, abandonam a esfera terrestre e a Federação começa a reconstruir a Terra. Mas uma facção pretende destruir essa paz e restaurar a grandeza de Zeon através do plano chamado Stardust (poeira estelar). Para isso o Major Anavel Gato rouba um dos protótipos construídos pela Anaheim Eletronics para a Federação, o Gundam GP02, equipado com armamento nuclear. Para tentar recuperar o Gundam roubado, o Tenente Kou Uraki pega o Gundam GP01 e sai sem saber que o Plano Stardust era muito mais do que ele poderia imaginar.