Enquanto a Guerra continua, Amuro e a tripulação da White Base devem seguir em direção ao Quartel-General da Federação Terrestre, Jaburo. Em seu caminho, eles encontram vários novos inimigos e enfrentam desafios impossíveis. Eles lutam na Operação Odessa para libertar a Terra das garras das forças de Zeon. Vidas são perdidas, novas amizades são feitas e descobertas surgem a cada esquina. Amuro logo descobre que possui os poderes dos misteriosos Newtypes.