Quando a ameaça dos Anjos aumenta, a força de defesa da humanidade é levada ao limite, com a NERV na vanguarda da luta. Shinji Ikari e sua parceira Rei Ayanami são auxiliados por duas novas pilotos: a impetuosa Asuka Langley Shikinami e a misteriosa Mari Illustrious Makinami.

Com a ajuda de suas unidades Evangelion mecanizadas, equipadas com armas perfeitas para enfrentar seus oponentes monstruosos, as quatro jovens almas lutam desesperadamente para proteger seus entes queridos e evitar um apocalipse iminente. Mas quando segredos surpreendentes vêm à tona, o maior desafio dos heróis será os monstros... ou a própria humanidade?