A série se passa na "Cosmic Era" (Era Cósmica) e inicia a saga nesta era do universo Gundam. Tudo começa com a guerra de Bloody Valentine entre a Terra e as colônias. De um lado estava a Aliança Terrestre e do outro ZAFT representando, respectivamente, Terra e PLANT (colônias). Nesta era, a humanidade está dividida entre Naturais, humanos sem qualquer manipulação genética e os Coordinators, humanos alterados geneticamente para alcançar patamares mais altos de desempenho. O ódio entre alguns representantes de ambas as nações é enorme e, assim, uma nova guerra acontece.