O ano é U.C.0105, doze anos após a Rebelião de Char. A organização "MAFTY" iniciou sua resistência ao governo tirânico da Federação, assassinando seus oficiais de alto escalão. Seu líder é, na verdade, Hathaway Noa, filho de Bright Noa, que lutou na Guerra de Um Ano ao lado de Amuro Ray. Uma garota chamada Gigi Andalusia, que exibe poderes incomuns, fez Hathaway recordar um trauma do passado. Assombrado por essa experiência e confuso com as palavras enigmáticas de Gigi, ele se sente atraído por ela, cujos estranhos poderes despertam memórias nele. Apesar disso, Hathaway continua a preparar a missão da MAFTY: um ataque aéreo à conferência de Adelaide, determinado a cumprir os objetivos do grupo e deixar seu próprio passado para trás. Enquanto isso, Kenneth Sleg, das Forças da Federação, prepara uma operação de defesa para a Conferência de Adelaide e um plano para eliminar a MAFTY, quando é abordado por Handley Yoxon, da Organização da Polícia Criminal, com uma proposta secreta. Enquanto Hathaway e Kenneth buscam seus respectivos objetivos, Gigi também parte para Hong Kong para cumprir seu próprio papel.