Graças aos sacrifícios de heróis de guerra como Amuro Ray, o ano 105 do Século Universal presencia uma era de paz duramente conquistada, mas de curta duração. A Federação Terrestre mantém um controle militarista sobre o planeta e suas colônias espaciais circundantes. Embora a rebelião de Char Aznable contra a Federação negligente tenha encontrado seu fracasso derradeiro, sua filosofia revolucionária de verdadeira liberdade para todos os seres humanos perdura. Apesar de ser filho de um famoso comandante da Federação, Hathaway Noa incorpora tanto a lealdade eterna do soldado Amuro Ray quanto a paixão militante do líder rebelde Char Aznable. Assombrado pelas memórias da Rebelião de Char, Hathaway lidera uma facção dissidente própria conhecida como Mafty. Ele adota o pseudônimo "Mafty Navue Erin" e comete atos de violência em revolta contra a crescente tirania da Federação. Após frustrar a tomada hostil de um avião por um grupo terrorista que fraudulentamente alegava ser Mafty, a identidade secreta de Hathaway é descoberta por uma jovem chamada Gigi Andalucia. Hathaway faz amizade com Gigi e com o coronel da Federação Kenneth Sleg, mas sua vida dupla os coloca em perigo à medida que o conflito armado entre Mafty e a Federação atinge seu clímax.