"Um coração que acredita é a sua magia!"—foram essas as palavras que a ídolo de Atsuko "Akko" Kagari, a renomada bruxa Shiny Chariot, disse a ela durante uma apresentação mágica anos atrás. Desde então, Akko viveu por essas palavras e aspirou ser uma bruxa como Shiny Chariot, uma que pode fazer as pessoas sorrirem. Assim, mesmo sua origem não-mágica não a impede de se matricular na Academia Mágica Luna Nova.

No entanto, quando uma Akko animada finalmente parte para sua nova escola, a viagem até lá é tudo menos tranquila. Após sua jornada perigosa, ela faz amizade com a tímida Lotte Yansson e a sarcástica Sucy Manbavaran. Para sua extrema alegria, ela também descobre a varinha de Chariot, a Shiny Rod, que ela toma como sua. Infelizmente, seu tempo em Luna Nova provará ser mais desafiador do que Akko jamais poderia acreditar. Ela se recusa absolutamente a ficar inferior ao resto de seus colegas, especialmente para sua autoproclamada rival, a bela e talentosa Diana Cavendish, então ela confia em sua determinação para compensar seu comportamento imprudente e ineptidão em magia.

Em uma época em que a magia está em declínio, Little Witch Academia segue as aventuras mágicas de Akko e suas amigas enquanto aprendem o verdadeiro significado de ser uma bruxa.