Após uma fuga audaciosa do Museu da Memória, Sayaka Miki retorna à cidade de Mitakihara com notícias perturbadoras. Incomodada com o que descobriu, Sayaka revela a Madoka Kaname e Homura Akemi o paradeiro de Mami Tomoe e, mais importante, a verdade inquietante por trás da existência das garotas mágicas. Apesar de conhecer o cruel destino que as aguarda, as três decidem rapidamente trabalhar juntas para salvar Mami de uma vez por todas.

Enquanto isso, em Kamihama, Yachiyo Nanami caça vários "rumores" em busca do Hotel Fendt Hope, o quartel-general das Asas de Magius. A organização de garotas mágicas é a única pista de Yachiyo para encontrar Iroha Tamaki, cujo desaparecimento permanece envolto em incerteza. Determinada a reunir o Time Mikazuki Villa, Yachiyo jura destruir as Asas de Magius e acabar com seus planos insidiosos.

Em meio às situações turbulentas, uma ameaça calamitosa se aproxima, apresentando um conflito terrível que colocará em risco o mundo inteiro.