Dizem os boatos que, se uma jovem garota fizer um pacto com uma fada branca, terá qualquer desejo do seu coração realizado. Contudo, em troca, ela se tornará uma garota mágica e deverá arriscar sua vida para eliminar bruxas temíveis e ferozes.

Iroha Tamaki, uma estudante do ensino fundamental de bom coração da cidade de Takarazaki, é a prova viva de que esses boatos são verdadeiros. Armada com uma besta mágica e a habilidade de curar ferimentos, Iroha procura os labirintos onde as bruxas se escondem e as derrota antes que possam atacar os humanos. No entanto, Iroha não tem memória do seu desejo, e até mesmo Kyuubey, a própria fada branca, parece não ter ideia do que Iroha pediu a ele.

Um dia, Iroha ouve rumores de uma cidade onde "garotas mágicas podem ser salvas" e se vê em um trem ao pôr do sol para a cidade de Kamihama. Infelizmente, ela descobre que as bruxas em Kamihama são muito mais poderosas do que o normal. Depois que a veterana garota mágica Yachiyo Nanami é forçada a salvá-la, Iroha jura nunca mais voltar. Mas quando um encontro casual com um pequeno Kyuubey parece desencadear memórias distantes, Iroha se sente compelida a investigar a misteriosa cidade, apesar do perigo.