Yoshimura Mamoru foi aceito na escola para usuários de Beatrice devido à sua diferenciada inteligência. Usuários de Beatrice são pessoas que têm habilidades especiais. Em seu primeiro dia, ele encontra Takasu Ayako, também conhecida como a Bruxa Beatrice, uma popular colegial com habilidades excepcionais com a Beatrice. Em seu primeiro encontro, Ayako, que normalmente é uma pessoa fria e solitária, de repente se declara ao Mamoru. Após isso, Mamoru é nomeado membro do conselho estudantil e, acompanhado da Ayako, se envolve em perigos e mistérios a cerca da Beatrice.