Em um mundo onde Pokémon vivem e se comunicam uns com os outros, existem tesouros míticos conhecidos como Engrenagens do Tempo que regulam o fluxo temporal em suas respectivas áreas. Se uma for removida de seu local de descanso, o tempo congelará naquela área, então nem mesmo Pokémon malignos ousam roubá-las. Mas, recentemente, anomalias no tempo têm surgido por toda a terra, causando o aparecimento de Dungeons Misteriosas e Pokémon violentos. Equipes de exploração Pokémon foram formadas para explorar essas Dungeons Misteriosas, prender os Pokémon violentos e ajudar a manter a paz. Descobre-se que as anomalias no tempo não foram causadas pelo recente desaparecimento das Engrenagens do Tempo, mas pela Torre Temporal que está lentamente desmoronando e por Dialga que está se corrompendo em Dialga Sombrio. O recém-infame ladrão Juptile havia roubado as Engrenagens do Tempo para levá-las à Torre Temporal e impedir sua deterioração. A equipe de exploração Pokémon Team Pokédans — que consiste em Hikozaru e um Pochama que já foi humano — deve se unir a Juptile para ir à Terra Fantasma, onde a Torre Temporal está localizada. Se o trio falhar, a Torre Temporal entrará em colapso completo, deixando o mundo inteiro congelado no tempo para sempre...