Num futuro próximo, seres hostis gigantes, conhecidos como "Fiarem", estão em guerra contra a Terra. Para defender o mundo dessa ameaça alienígena, o Japão lança uma equipe especial, os "Ragna Strikers", composta por seis jovens que empunham armamentos avançados e possuem a capacidade de crescer a tamanhos gigantescos. Ragnastrike Angels acompanha Ayano Anemori e suas amigas enquanto elas vivem suas vidas cotidianas e combatem os violentos Fiarem.