Recca Hanabishi, um estudante do ensino médio apaixonado por ninjas, é gravemente ferido quando salva Yanagi Sakoshita de ser esmagada perto de um canteiro de obras. Ele sobrevive graças aos misteriosos poderes de cura que ela possui. No entanto, logo depois, eles são atacados por uma mulher enigmática chamada Kagehoshi, o que desperta nele a capacidade de gerar chamas a partir de seu braço. Acontece que Recca é, na verdade, um humano de 400 anos atrás, nascido como o futuro líder do "clã ninja Hokage" e enviado para o tempo presente por vários motivos. Após alguns contratempos, Recca considera Yanagi sua "princesa" e jura lealdade eterna a ela, iniciando uma luta feroz para protegê-la de Koran Mori e do enigmático Kurei. Assim começa uma jornada lendária que transcende o tempo.