Rewrite situa-se na cidade fictícia de Kazamatsuri, onde o reflorestamento e arborização deixaram a cidade cheia de árvores e flores, da mesma forma que outras cidades são preenchidas por edifícios. Tennouji Kotarou vive aqui. Ele é um estudante colegial que tem a capacidade de reescrever seu próprio corpo, podendo se tornar mais forte e mais rápido a qualquer momento que desejar. Ele investiga mistérios sobrenaturais com mais cinco meninas de sua escola.