Grisaia no Rakuen começa logo no final da parcela anterior, Grisaia no Meikyuu . Kazami Yuuji é preso sob suspeita de terrorismo. Um vídeo mostrando provas aparentemente concretas de que Yuuji cometeu esses atos, e ele é mantido sob custódia por Ichigaya. Ichigaya sabe muito bem que Yuuji não cometeu os crimes de que foi acusado. Mas ele não conseguiu assassinar Heath Oslo, que é o líder da organização terrorista com uma arma extremamente devastadora em sua posse. Na verdade, Ichigaya tem seus próprios planos para Yuuji ... Mas nem tudo pode ser perdido para Yuuji. As garotas da Academia Mihama não estão dispostas a deixar Yuuji ser usado para ganhos políticos, e nem a nova figura misteriosa que aparece diante delas.