A vida de Sakuta Azusagawa parecia ter encontrado a calmaria ao lado de Mai Sakurajima, seis meses após os eventos que uniram o casal. No entanto, essa paz é abalada pelo retorno inesperado de Shouko Makinohara, sua antiga paixão. O mistério se aprofunda quando duas versões de Shouko passam a coexistir: uma estudante do ensino fundamental que enfrenta uma condição de saúde crítica e uma versão adulta que parece conhecer segredos sobre o futuro de Sakuta.

Conforme o vínculo entre eles se estreita, as antigas cicatrizes de Sakuta voltam a latejar, forçando-o a encarar escolhas dolorosas que colocam em xeque não apenas o seu relacionamento com Mai, mas o próprio destino daqueles que ele mais deseja proteger. Em meio a esse conflito emocional, a realidade se dobra sob o peso da Síndrome da Puberdade, exigindo que Sakuta defina o que realmente significa amar e sacrificar-se pelo próximo.