Rintarou Okabe, o autoproclamado cientista louco, tornou-se uma sombra de si mesmo. Consumido pelo peso do fracasso em salvar Makise Kurisu e traumatizado pelas cicatrizes de suas viagens temporais, ele abandona sua persona excêntrica para tentar viver como um estudante universitário comum. Enquanto tenta enterrar as memórias das atrocidades que testemunhou, o destino o coloca diante de um projeto revolucionário: Amadeus, uma inteligência artificial capaz de armazenar e simular as memórias e a personalidade de uma pessoa real.

Ao ser contratado para testar o sistema, Okabe se vê frente a frente com uma versão digital de sua falecida amiga, reabrindo feridas que ele lutou para fechar. Em um mundo onde as consequências de alterar o fluxo natural do tempo são fatais, ele precisa decidir até onde está disposto a ir para proteger o futuro, mesmo que isso signifique confrontar as verdades mais cruéis do passado.