Desde o começo dos tempos, a humanidade tem sido ameaçada pelo desastre chamado Noise. Quando ele ocorre, pessoas morrem, e não há contra-medidas. Com excessão de uma: o super secreto Sistema Symphogear, capaz de eliminar Noise, foi implantado no Japão. Sem conhecimento do público em geral, duas meninas empunhando os Symphogears lutam implacavelmente para proteger a sociedade da devastação do Noise. Seria uma surpresa ainda maior para as pessoas saber que suas protetoras são ninguém mais que a dupla cantora de sucesso Zwei Wing, Amou Kanade e Kazanari Tsubasa. Tachibana Hibiki e Kohinata Miku são duas garotas normais que apenas estão na Academia Privada de Música Lydian. Lá, elas encontram Kanade e Tsubasa e se tornam envolvidas na luta contra o Noise.