Há trinta e três anos, uma força alienígena conhecida como “JAM” invadiu a Terra através de um portal dimensional sobre a Antártida. As forças da Terra conseguiram expulsar o JAM para um planeta distante designado como “Fada”. Enquanto a maioria da população da Terra não tem conhecimento da presença do JAM, a guerra continua em Fairy, onde Rei Fukai é um piloto da SAF (Força Aérea Especial) designado para pilotar "Yukikaze" - um avião de combate de reconhecimento avançado equipado com uma IA quase senciente. que detecta a presença do JAM em seu caminho.