No mundo de Mushrambo, a vida humana está praticamente extinta. Após um vírus mortal ameaçar a extinção da humanidade, uma nova raça, os Enterrans, foi criada para preservar a vida na Terra. Contudo, as relações entre os Enterrans e seus criadores não permaneceram pacíficas. Logo, uma guerra eclodiu, com os Enterrans lutando contra os humanos e seus robôs. No fim, os Enterrans foram os vitoriosos deste conflito, renomeando a Terra para Enterra em homenagem à sua vitória. Antes que os últimos vestígios da humanidade caíssem, um dos poucos cientistas restantes colocou sua filha, Yakumo Shindou, em uma câmara de sono. Sua esperança era que a filha um dia despertasse e encontrasse o santuário humano conhecido como Shinzo, revivendo a humanidade e restaurando a paz entre humanos e Enterrans. Séculos se passaram desde a guerra; Yakumo agora desperta e conhece um Enterran chamado Mashura, que promete ajudá-la em sua missão. Também acompanhada pelos Enterrans Sago e Kutal, o grupo deve agora trabalhar para localizar as memórias perdidas de Yakumo e encontrar Shinzo. Mas nem todo Enterran é tão gentil quanto os novos amigos de Yakumo, e alguns estão dispostos a cometer qualquer atrocidade para impedir o retorno da humanidade.