Conta a história de uma jovem humana chamada Yakumo. Seu pai, um cientista chamado Daigo Tetsuro a submeteu a um sono hibernal dentro de um robô (Hacuba) para livrá-la de um vírus que assolava a Terra e que estava matando os humanos e animais. Yakumo acaba permanecendo neste estado mais tempo do que estava programado (500 anos ao invés de 50 - sendo que a cada 50 anos ela envelheceria apenas 1). Quando desperta, encontra-se numa época em que a raça humana havia sido dizimada, e quem governa o mundo são seres chamados enterranos...