Em uma missão arqueológica até o fim do universo conhecido, o professor Daiba, sem querer, libera um antigo horror de seus confins. Cinco anos depois, a malévola força alienígena põe em ação um plano que reúne os vários tripulantes do Arcadia para navegar pelas estrelas mais uma vez, bem como trazer Tadashi Daiba para encontrar Harlock pela primeira vez (novamente).