É 2977 d.C. e a humanidade tornou-se estagnada. Robôs fazem todo o trabalho, as massas são mantidas tranquilas por mensagens subliminares, e oficiais do governo são preguiçosos, preocupando-se apenas com atividades recreativas como golfe e corrida de cavalos. O Capitão Herlock desafiou essa mentalidade insípida, liderando um grupo de rebeldes com ideias semelhantes para uma vida mais aventureira a bordo da nave espacial Arcadia. Uma força misteriosa conhecida como Mazone invadiu a Terra, assumindo a forma de misteriosas mulheres encapuzadas que matam qualquer um que suspeite de suas ações nefastas, como Tadashi Daiba, que agora está em sua lista de alvos. Depois que seu pai cientista é ignorado pelo governo e morto pelos Mazone, ele se junta ao Capitão Herlock e seu grupo desorganizado de piratas para ajudá-los enquanto tentam salvar a humanidade da iminente ameaça alienígena.