Tendo atingido seu limite emocional, Rintarou Okabe se recusa a continuar ajudando a viajante do tempo Suzuha Amane em sua missão de prevenir a Terceira Guerra Mundial, acreditando que quaisquer esforços adicionais para salvar Makise Kurisu serão em vão. Pouco depois, Okabe abandona sua persona de cientista louco e se torna um estudante universitário aparentemente comum. A amiga próxima de Okabe, Mayuri Shiina, o percebe se recuperando de seu trauma e está visivelmente feliz. No entanto, algo ainda parece estar incomodando Okabe. Steins;Gate: Kyoukaimenjou no Missing Link - Divide By Zero marca o início de uma divergência crítica — uma linha do tempo na qual o fardo do destino se intensifica além dos limites de alguém.