Dois anos se passaram desde o fim da Quarta Grande Guerra Ninja. Konohagakure permaneceu em um estado de paz e harmonia – até que o Sexto Hokage Kakashi Hatake percebe que a lua está se aproximando perigosamente da Terra, representando uma ameaça de ruína planetária.

Em meio a essa provação grave, Konoha é invadida por um novo mal, Toneri Ootsutsuki, que repentinamente sequestra Hanabi, a irmãzinha de Hinata Hyuuga. Kakashi envia uma equipe de ninjas habilidosos composta por Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai e Hinata em um esforço para resgatar Hanabi das garras diabólicas de Toneri. No entanto, durante sua missão, a equipe enfrenta vários obstáculos que os desafiam, frustrando seus esforços.

Com o sequestro de Hanabi, os relacionamentos que a equipe compartilha uns com os outros são testados e, com o mundo à beira da destruição, eles devem correr contra o tempo para garantir a segurança de seu planeta. Enquanto isso, enquanto a batalha continua, Naruto é levado a lutar por algo maior do que jamais imaginou: o amor.