A vida de volta ao cruzeiro após o Exame Especial da Ilha está longe de ser tranquila. Quase imediatamente após o retorno, os alunos do primeiro ano da Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School enfrentam mais um exame especial, com pontos de classe e individuais em jogo.

Além do conjunto de regras complicado, surgem mais problemas na forma de Kakeru Ryuuen e Kei Karuizawa. Irritado com o resultado do teste anterior, Ryuuen está determinado a superar todas as classes no novo desafio usando qualquer meio necessário. Enquanto isso, Karuizawa, um pilar crucial da Classe D, está prestes a desmoronar sob a pressão de seu passado.

O palco está montado para que Kiyotaka Ayanokouji mais uma vez — usando toda a extensão de seu planejamento, previsão e manipulação implacável — guie a Classe D à vitória enquanto forças inimigas perigosamente próximas tentam derrubá-la.