Uma década após o fim do violento período Bakumatsu, o Japão tenta se reconstruir sob a nova Era Meiji. Em meio a essa transição, um andarilho de passado sombrio percorre o país: Kenshin Himura. Antigamente temido como o impiedoso assassino Hitokiri Battousai, ele carrega o peso de inúmeras vidas ceifadas e, como penitência, jurou nunca mais tirar um ser humano de sua existência.

Sua busca por paz é interrompida ao chegar em Tóquio e cruzar o caminho de Kaoru Kamiya, instrutora de um pequeno dojo que enfrenta sérios problemas. Ao decidir protegê-la, Kenshin se vê forçado a empunhar novamente sua sakabatou — uma espada de gume invertido incapaz de matar — para enfrentar inimigos que ameaçam a frágil estabilidade do novo Japão e confrontar os fantasmas de um passado que insiste em não ficar enterrado.