Após a destruição de parte da Lua, um ser misterioso e dotado de tentáculos assume a posição de professor na Classe 3-E da escola Kunugigaoka. O problema? Ele promete aniquilar o planeta em um ano, a menos que seus próprios alunos — um grupo de estudantes marginalizados — consigam assassiná-lo antes da formatura.

Armados com facas e munições especiais que não ferem humanos, Nagisa Shiota e seus colegas precisam equilibrar o currículo escolar com o treinamento intensivo de combate. Sob a tutela desse professor peculiar, que se revela mais dedicado e atencioso do que qualquer outro no colégio, a turma enfrenta dilemas morais, pressões acadêmicas e a constante ameaça de outros assassinos profissionais que cobiçam a recompensa bilionária pela cabeça do alvo.