Um ano após a fracassada Rebelião Negra, o Japão — agora conhecido como Área 11 — vive sob o punho de ferro do Sagrado Império Britanniano. O grupo de resistência Cavaleiros Negros, sem seu líder mascarado Zero, luta para manter viva a chama da revolta enquanto a repressão imperial se intensifica.

Lelouch Lamperouge, um estudante da Academia Ashford, parece ter esquecido completamente sua vida dupla como o estrategista por trás da rebelião. No entanto, a misteriosa C.C. não aceita esse destino e busca despertar as memórias de Lelouch, na esperança de que o gênio por trás de Zero retorne para concluir o que começou.