A Guerra do Santo Graal na cidade de Fuyuki atinge um ponto de ruptura. Enquanto os Masters e Servants se enfrentam, uma sombra misteriosa começa a dizimar os combatentes, espalhando morte e desespero. Shirou Emiya, mesmo após sofrer perdas irreparáveis, mantém sua resolução de proteger Sakura Matou, a garota que se tornou o centro de seu mundo.

Contudo, o conflito revela segredos sombrios sobre a linhagem dos Matou e a verdadeira natureza da guerra. Enredada em seu próprio destino como maga, Sakura vê seus desejos mais profundos serem ameaçados por essa força sombria, forçando Shirou a tomar decisões que desafiam seus ideais de justiça.