Quatorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra se tornou um deserto pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas e as pessoas que Shinji Ikari conhecia são quase irreconhecíveis. Preso dentro da Unidade Evangelion 01, ele é resgatado do espaço por Asuka Langley Shikinami e Mari Illustrious Makinami, apenas para se tornar prisioneiro da WILLE, uma facção militar liderada por sua ex-guardiã Misato Katsuragi. Frios e amargos, seus antigos aliados o veem com desconfiança e se recusam a apoiá-lo enquanto ele tenta lidar com as consequências de seus atos.

Magoado e confuso, Shinji é resgatado da WILLE por Rei Ayanami e levado de volta ao quartel-general da NERV. Lá, ele conhece e rapidamente faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece calor e uma visão sobre o estado da guerra da NERV contra os Anjos. Mas o breve descanso de Shinji e Kaworu está às vésperas de uma nova batalha, uma na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais Anjos, mas ex-companheiros. Nesta amarga confrontação para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.