A Quarta Guerra do Santo Graal na cidade de Fuyuki é um campo de batalha onde sete magos, os Mestres, invocam espíritos heroicos do passado, os Servos, para disputar a posse do artefato capaz de realizar qualquer desejo. Diferente de outras competições, este conflito é marcado por uma brutalidade sem precedentes, onde ideologias colidem e a linha entre o heroísmo e a vilania se torna quase inexistente.

No centro dessa trama, Kiritsugu Emiya, um mercenário conhecido como o "Caçador de Magos", carrega o peso de uma missão desesperada enquanto sua relação com Saber, sua serva, é testada por visões de mundo diametralmente opostas. Enquanto isso, Kirei Kotomine, um homem em busca de propósito, encontra uma conexão sinistra que pode mudar o destino de todos os envolvidos, provando que, nesta guerra, o custo da vitória pode ser o sacrifício da própria humanidade.