Após os eventos que abalaram o governo bakufu, Gintoki e seus companheiros do Yorozuya, junto aos rebeldes Joui, encontram-se foragidos. A situação ganha contornos críticos quando recebem informações sobre o desaparecimento de Takasugi após uma emboscada dos piratas Harusame. Em meio a esse cenário, Nobume Imai revela a existência de Utsuro, uma figura sombria que controla as sombras do poder e possui uma semelhança perturbadora com o antigo mestre de Gintoki.

O grupo parte em direção a Rakuyou, o planeta natal de Kagura, onde facções rivais, rancores antigos e as maquinações do grupo Tendoushuu convergem. O que deveria ser uma missão de busca transforma-se em um conflito de proporções cósmicas, forçando os protagonistas a confrontarem verdades dolorosas sobre suas origens e o destino que os aguarda.