Após os eventos devastadores em Rakuyou, a verdadeira face e os objetivos sombrios de Utsuro, o líder imortal do Naraku, finalmente vêm à tona. Ao corromper as reservas de Altana de diversos planetas, ele atrai a fúria do Exército de Libertação Altana, transformando a Terra no epicentro de um conflito interplanetário sem precedentes. Com o bakufu em colapso e o paradeiro do Shogun desconhecido, o Japão se vê à mercê de forças invasoras que buscam a destruição total.

O ataque ao Terminal Central de O-Edo marca o início da resistência derradeira. Sem o Yorozuya reunido inicialmente e com a população desamparada, Gintoki, Kagura e Shinpachi precisam superar as cicatrizes do passado e unir aliados improváveis — incluindo os antigos discípulos de Shouyou Yoshida — para proteger o lar que tanto amam antes que o plano de Utsuro se concretize.