Em uma versão alternativa de Edo, o Japão foi subjugado por alienígenas conhecidos como Amanto, que proibiram o porte de espadas e forçaram a rendição do xogunato. Neste cenário de transição tecnológica e decadência cultural, Gintoki Sakata, um ex-guerreiro da resistência com um passado misterioso, tenta sobreviver como freelancer. Ao lado de Shinpachi, um jovem aspirante a samurai, e Kagura, uma garota alienígena de força sobre-humana, ele comanda a agência Yorozuya.

O cotidiano do trio é marcado por pedidos bizarros, paródias ácidas de outras franquias e uma constante quebra da quarta parede. No entanto, quando as sombras do passado de Gintoki e as conspirações políticas dos Amanto ameaçam a paz precária da cidade, o grupo é forçado a abandonar as piadas para proteger os laços que construíram em um mundo que esqueceu o espírito dos antigos samurais.