Dois anos após a invasão do Terminal Central de O-Edo, o grupo Yorozuya seguiu caminhos distintos. No entanto, a sombra de Utsuro volta a pairar sobre o mundo, forçando Gintoki Sakata a retomar suas investigações sobre as linhas de Altana da Terra. Com o retorno iminente de uma ameaça que busca a imortalidade a qualquer custo, os antigos aliados se veem obrigados a deixar de lado suas diferenças.

O Terminal Central torna-se o palco de um confronto decisivo. Enquanto a estrutura corre o risco de detonar devido ao uso desenfreado de energia, Gintoki, Shinpachi, Kagura e o restante dos habitantes de Kabukicho unem forças em uma última tentativa de proteger o futuro. Honrando os desejos de seu mentor, Shouyou Yoshida, os antigos alunos se reencontram para enfrentar o passado e garantir que o amanhã ainda seja possível.