Vinte mil anos após a queda da humanidade, a Terra sucumbiu a legiões de criaturas vorazes que agora vagam livremente pelo planeta. Longe, nas profundezas do espaço, os últimos sobreviventes da humanidade flutuam sem rumo na mesma nave com a qual escaparam da Terra há tantos anos. Com os recursos da nave espacial perigosamente baixos, o conselho líder dos sobreviventes precisa decidir seu próximo passo: devem continuar a arriscar-se na busca por outro planeta habitável, semelhante à Terra, ou levar a sério um ensaio anônimo que teoriza sobre a única fraqueza do "Godzilla", o ser que forçou os últimos remanescentes da humanidade a deixar seu mundo natal? O autor do controverso ensaio é Haruo Sakaki, um homem que testemunhou a morte de seus pais pelas mãos de Godzilla em tenra idade, o que o levou a nutrir um ódio obsessivo pelo monstro. Agora, ele lidera a operação que visa retomar o que é de direito da humanidade do rei dos monstros e aniquilá-lo de uma vez por todas. No entanto, assim como a humanidade, a Terra passou por mudanças drásticas desde a partida deles; Godzilla e suas inúmeras crias podem ser insignificantes em comparação com a escuridão que espreita nos corações desta comunidade de sobreviventes tão unida.