Após a grande operação que levou à contenção do recruta Kafka Hibino, também conhecido como Kaiju No. 8, a Força de Defesa tem se perguntado como lidar com ele. Kafka é o primeiro kaijuu a ficar do lado dos humanos e, após cuidadosa consideração, ele é eventualmente transferido para a Primeira Divisão da Força de Defesa, na esperança de adicionar seu poder à divisão mais forte, capaz de lidar com qualquer ameaça. No entanto, algumas pessoas ainda duvidam de Kafka, e ele deve provar seu valor na próxima missão.

Kafka e a Primeira Divisão são logo despachados quando uma enorme horda de kaijuu semelhantes a formigas começa a causar estragos. Graças à força combinada do amigo de Kafka, Kikoru Shinomiya, e de seu capitão, Gen Narumi, a missão parece progredir como deveria. No entanto, quando Kafka não consegue se transformar em sua forma de kaijuu, o terrível Kaijuu No. 9 se junta à batalha com apenas um objetivo: eliminá-lo e roubar seu poder. Embora a situação pareça sombria, Kafka deve superar sua provação mais difícil com os outros se quiser continuar perseguindo seu sonho: lutar lado a lado com sua amiga de infância e capitã da Terceira Divisão, Mina Ashiro.