Após a destruição de sua cidade natal, os amigos de infância Kafka Hibino e Mina Ashiro fazem um pacto para se tornarem oficiais da Força de Defesa – uma organização militarizada encarregada de proteger o Japão de monstros colossais conhecidos como "kaijuu". Décadas depois, Kafka, com 32 anos, quase desistiu de seus sonhos de heroísmo. Em vez disso, ele limpa os restos mortais dos kaijuu abatidos depois que são derrotados por soldados valentes – incluindo Mina, que alcançou com sucesso o objetivo compartilhado.

Ao conhecer seu novo colega de trabalho, Reno Ichikawa, Kafka se depara com um espelho de seu antigo eu: um jovem ambicioso cujo único desejo é lutar como membro da Força de Defesa. Infelizmente, os dois logo se envolvem em um encontro bizarro com um kaijuu desonesto. Embora Kafka demonstre sua natureza heroica inata e resgate Reno de uma morte certa, ele fica gravemente ferido.

Enquanto ambos se recuperam em um hospital, Kafka é aparentemente atacado por outra das bestas. Como resultado, ele ganha a habilidade de se transformar em um kaijuu humanoide com a força e os poderes dos monstros massivos que ameaçam o Japão. Apelidado de "Kaiju No. 8" pelos militares, Kafka decide usar seus dons recém-descobertos para o bem maior. Unidos pelo respeito mútuo, Kafka e Reno partem para se juntar a guerreiros como Mina na vanguarda da Força de Defesa.