Desde a infância, Utena Hiiragi sempre foi uma fervorosa admiradora de garotas mágicas e até sonha em se tornar uma. Um dia, ela conhece um animal de estimação falante que lhe oferece o poder de realizar seu maior desejo. Sem hesitar, ela aceita e é envolvida por uma magia misteriosa. No entanto, ao completar sua transformação, ela percebe que agora faz parte de uma terrível organização maligna! Assim começa a história de uma garota doce e tímida, amante de meninas mágicas, que é atraída para o mal por engano, tornando-se uma vilã sádica. Será que as Três Mágicas conseguirão resistir ao seu intenso jogo de sadomasoquismo entre o bem e o mal?