Takashi Natsume continua sua missão de devolver os nomes aos espíritos contidos no Livro dos Amigos, herdado de sua falecida avó, Reiko. Durante uma rotina comum, ele encontra um espírito chamado Monmonbou, que desperta lembranças sobre o passado de sua avó. Movido pela curiosidade, Natsume visita uma cidade onde Reiko viveu, aproximando-se de uma antiga conhecida dela, Yorie Tsumura, e de seu filho, Mukuo.

Enquanto isso, uma confusão inusitada acontece: Nyanko-sensei consome uma misteriosa "Semente Espiritual" encontrada por acaso e acaba se dividindo em três pequenos gatinhos. O que deveria ser apenas uma investigação sobre o passado de Reiko torna-se uma corrida contra o tempo para resolver o problema do seu fiel guardião, revelando segredos escondidos naquela cidade pacata.