Uma Guerra Santa, da mitologia antiga, onde a Deusa Atena e Hades lutaram um contra o outro defendendo a Terra repetidamente ao longo de 200 anos. A história se passa na Europa do século XVIII, 243 anos antes do "Saint Seiya" original. Três pequenas crianças, Tenma, Alone e Sasha, compartilharam uma infância muito feliz juntos. Tenma, que é bastante agressivo mas íntegro, mudou-se para o Santuário para se tornar um Cavaleiro. É lá que ele se reencontra com Sasha, que é irmã de Alone, e descobre que ela é a reencarnação da Deusa Atena. Alone, que é gentil, amável e adora pintar, foi escolhido para ser o corpo do inimigo Rei Hades. Tenma eventualmente se torna um Cavaleiro de Pégaso e se envolve em uma batalha feroz com seu melhor amigo Alone, o Rei Hades. Pégaso Tenma, o Rei Hades e a Deusa Atena, através do entrelaçamento de seus três destinos, se unem, o que desenrola um prólogo para o Saint Seiya original.