Kaoru Nishimi, um pianista clássico introvertido e aluno exemplar, acaba de chegar a Kyushu para seu primeiro ano do ensino médio. Tendo se mudado constantemente desde a infância, ele abandona qualquer esperança de se encaixar, preparando-se para outro ano solitário e sem sentido. Isso até que ele encontra o notório delinquente Sentarou Kawabuchi.

O imensurável amor de Sentarou pela música jazz inspira Kaoru a aprender mais sobre o gênero e, como resultado, ele lentamente começa a sair de sua concha, fazendo seu primeiro amigo. Kaoru começa a tocar piano em sessões de jazz depois da escola, localizadas no porão da loja de discos da família de sua colega Ritsuko Mukae. Ao descobrir a imensa alegria de usar seus talentos musicais para trazer prazer a si mesmo e aos outros, o verão de Kaoru pode muito bem atingir um crescendo que ele lembrará para sempre.

Sakamichi no Apollon é uma história emocionante de amizade, música e amor que segue três indivíduos únicos unidos por sua apreciação mútua pelo jazz.