Van descobre um Zoid Organoid em um laboratório abandonado enquanto foge de dois estranhos que pilotam Zoids. Também no laboratório, em um tubo de suspensão animado, está uma garota estranha. Ele abre o tubo e leva ela e o organoide com ele. A garota, que diz se chamar Fiona, quer encontrar algo chamado "Zoids Eve", e então Van, o Organoid Zeke e Fiona começam sua aventura.